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모니터 3개 쓰기

pcpenpal/IT 2012/03/11 23:46 posted by pcpenpal
어쩌다보니 모니터가 3개나 생겼다. 다 5년 정도 된 것들이긴 하지만...

요새 그래픽 카드는 포트가 2개라 모니터 2개까지는 그래픽 카드 1개로 충분히 쓸 수 있으나 모니터 3개를 쓰려면 그래픽 카드가 하나 더 있어야 한다.

2개의 Nvidia 카드를 장착하고 모니터 3개를 전부 DVI로 연결했다. Windows에서는 얼추 잘 된다.

문제는 Linux/X에서... ㅠㅠ

각 모니터에 X 서버를 띄워서 '건널 수 없는 세 개의 강'으로 만들면 되기는 하는데... -_-

근데 답이 없어보인다. RandR이 더 발전해도 이 문제가 풀릴까 말까한 상태. 차라리 Wayland가 발전해서 세상을 뒤엎는 걸 기다리는 게 빠를지도 모르겠다. ㅠㅠ

그리고 그와 별개로 Nvidia가 협조 안 하면 답이 없는 거다. Nouveau가 3D 지원하는 날까지 기다려야 하나...

요약하면 Linux 쓰시는 분들 모니터 3개 쓰려면 답이 안 나와요.

Complie gcc4.5.2 on ursus cluster

zsaver/IT 2012/02/03 17:31 posted by 낭심너부리
GMP 설치

wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/gmp/gmp-4.3.2.tar.gz
mkdir gmp-4.3.2-obj
tar xvzf gmp-4.3.2.tar.gz
cd gmp-4.3.2-obj
../gmp4-3.2/configure --prefix=/home/zsaver/usr/local --enable-cxx
make
make install
make check

MPFR 2.3.1+ 설치
wget  http://mpfr.loria.fr/mpfr-current/mpfr-3.1/.0.tar.gz
mkdir mpfr-2.3.1-obj
tar xvzf mpfr-2.3.1.tar.gz
cd mfpr-2.3.1 

../mpfr-2.3.1/configure --prefix=/home/zsaver/usr/local
make
make install

MPC 0.8.0+ 설치 
wget http://www.multiprecision.org/mpc/download/mpc-0.8.2.tar.gz
mkdir mpc-0.8.2-obj
tar xvzf mpc-0.8.2.tar.gz
cd mpc-0.8.2-obj
../mpc-0.8.2/configure --prefix=/home/zsaver/usr/local --with-gmp=/home/zsaver/usr/local
make
make install

LD_LIBRARY_PATH에 mpc, mpfr의 lib추가  

mkdir gcc-4.5.2-obj
cd gcc-4.5.2-obj
../gcc-4.5.2/configure --with-gmp=/home/zsaver/usr/local --with-mpfr=/home/zsaver/usr/local --with-mpc=/home/zsaver/usr/local --prefix=/home/zsaver/usr/local
 
make
make install


 

NAMD 설치 (2011-07-25 version) on debian

zsaver/IT 2011/07/27 13:52 posted by 낭심너부리
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ 소스 다운로드

필요 패키지 미리 설치

apt-get install fftw-dev tcl8.5-dev sfftw-dev csh

tar xvzf NAMD_CVS-2011-0725_Source

cd NAMD_CVS-2011-07-25_Source

tar xvf charm-6.3.2
cd charm-6.3.2

./build charm++ mpi-linux-x86_64   mpicxx smp   -j16  --with-production


cd NAMD_CVS-2011-07-25_Source/arch

vim Linux-x86_64-g++.arch

CHARMARCH 를 아까 charm-6.3.2를 build해서 만들어진 디렉토리로 변경.
여기에서는 
CHARMARCH=mpi-linux-x86_64-smp-mpicxx

vim Linux-x86_64.fftw

FFTDIR의 경로를 아래와 같이 바꿈 (fftw package가 설치되어 있다고 가정.. 없으면 apt-get install fftw-dev)

FFTDIR=/usr

vim Linux-x86_64.tcl

TCLDIR의 경로를 아래와 같이 바꿈 (tcl package가 설치되어 있다고 가정.. 없으면 apt-get install tcl8.5-dev)

TCLDIR=/usr

tcl의 경우 header file이 /usr/include에 안있고 /usr/include/tcl8.5에 있는 경우도 있으니 확인해보고
TCLINCL과 TCLLIB도 적당히 변경


그리고 NAMD의 config는 csh를 사용하니 csh도 설치 
apt-get install csh

cd ~/NAMD_CVS-2011-07-25_Source

./config Linux-x86_64-g++
 
cd Linux-x86_64-g++

make
하면 끝 

+alpha

32bit machine에서 컴파일 할 대 charm-6.3.2 컴파일 할 때 문제가 생긴다

대충 옵션이

  ./build charm++ mpi-linux   mpicxx smp   -j2  --with-production

요렇게 되는데 이 경우에는 컴파일 하는 옵션이 없다고 징징징한다.

이 경우에는
${NAMD_SRC}/charm-6.3.2/src/arch/mpi-linux 에 들어가서

cc-mpicxx.h
cc-mpicxx.sh

파일을 추가해준다. 파일 내용은  
${NAMD_SRC}/charm-6.3.2/src/arch/mpi-linux-x86_64 에 있는 
cc-mpicxx.h
cc-mpicxx.sh

파일을 적당히 고쳐주면 된다. 


실행 방법 :  

mpi실행할 때 mpiexec 뭐시기 실행하는데 이거하지말고 charm쓰면 됨

OpenFOAM 설치

zsaver/IT 2011/06/23 19:29 posted by 낭심너부리
이 글은 아래 MPICH + LAMMPS 설치 한 시스템에서 OpenFOAM을 올린 것 입니다.

1.OpenFOAM 다운로드. git repository에서  source를 받아옵니다. git이 안깔려 있으면 apt-get install git

mkdir OpenFOAM
cd OpenFOAM
git clone git://github.com/OpenCFD/OpenFOAM-2.0.x.git

이러면 OpenFOAM-1.7.x 폴더가 만들어지고 그 안에 소스가 들어가게됩니다.

cd OpenFOAM-1.7.x

이제 경로는 ~/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x 이 됩니다. 왜이렇게 했냐면 설정파일에서 최대한 덜 손대려고 그랬던 것입니다. 아니면 etc/bashrc 에서 이거저거 바꿔줘야됨.

2. MPICH사용 위해 설정 변경

일단 예전에 MPICH2를 설치할 때, 아무 옵션없이 configure 해 줬으면 나중에 문제가 생기게 됩니다.
그러니 예전에 mpich2_install했던 디렉토리로 가서 아래와 같이 새로운 옵션으로 컴파일 해줍니다.

저같은 경우에 mipch2 source는 ~/mpich2-1.2.1p 에, 인스톨한 폴더는 ~/mpich2_install_1.2.1 입니다.

그러니

인스톨한 폴더로 가서..

cd ~/mpich2_install_1.2.1

다시 configure 해 줍니다. 아래와 같은 옵션으로..
{mpich2_source_folder}/configure \
   --enable-fast \
    --enable-sharedlibs=gcc \
    --with-device=ch3:nemesis \

그리고

make
make install

 
3. OpenFOAM에서 MPICH2사용하도록 설정변경

cd ~/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/etc

vim bashrc

bashrc파일을 열어주고

#WM_MPLIB = SYSTEMMPI | OPENMPI | MPICH | MPICH-GM | HPMPI | MPI | QSMPI
: ${VM_MPILB:=OPENMPI}; export WM_MPLIB

여기를

#WM_MPLIB = SYSTEMMPI | OPENMPI | MPICH | MPICH-GM | HPMPI | MPI | QSMPI
: ${VM_MPILB:=MPICH}; export WM_MPLIB


요래 바꿔줍니다.

그리고 닫아주고

vim settings.sh

settings.sh 파일을 열어줍니다.

그리고

MPICH)
    mpiversion={설치한mpi_version}
    export MPI_HOME={mpich2_install 한 폴더, 저같은경우는 ~/mpich2_install_1.2.1}
    export MPI_ARCH_PATH={mpich2_install 한 폴더, 저같은경우는 ~/mpich2_install_1.2.1}

와 같이 바꾸고  

_foamAddPath 이하 아래부분은 그냥 놔둡니다. 

그리고 ~/.bashrc 파일을 열어 맨 마지막 라인데

source ~/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/etc/bashrc를 추가합니다.

echo  "source ~/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x/etc/bashrc" >> ~/.bashrc

뭐 이렇게 하면 되겠죠 


4. 필요한 패키지 밑 OpenFOAM 설치

새로 로그인을 해서 새로운 bash 설정으로 로드 한 후에 ( source ~/.bashrc가 이상하게 안먹힘....)

apt-get install zlib1g-dev

새로 필요한 패키지를 추가적으로 깔아줍니다.

그리고, 이제

cd ~/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.x

가서 ./Allwmake 해주면 완성~

(근데 가장 위의 폴더에서 Allwmake할 경우 상당히 오랜 시간이 걸립니다)


벤치마크들은 tutorials폴더에 있고, 제가 주로 사용한 벤치는 tutorials/incompressible/icoFoam/cavity 입니다.

각 벤치마다 돌려봐야 하는 파일들이 다르니 각 폴더에 있는 Allrun을 참고해 보면 뭐뭐를 돌려야 하는지 알 수 있습니다.

cavity같은경우엔 , blockMesh로 mesh 잡아주고, decomposePar로 각 프로세스가 해야할 일 나눠주고, icoFoam으로 실행~

MPICH + LAMMPS 설치

zsaver/IT 2011/06/08 14:24 posted by 낭심너부리
MPICH 설치

apt-get install g++ gfortran gcc tcl-dev

wget  http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/1.2.1p1/mpich2-1.2.1p1.tar.gz

tar xvzf mpich2-1.2.1p1.tar.gz

mkdir mpich2_install

cd mpich2_install

../mpich2-1.2.1p1/configure

make

make install 

echo "secretword=helloworld" > /etc/mpd.conf

chmod 700 /etc/mpd.conf

끝~

LAMMPS 설치

http://lammps.sandia.gov/download.htm 여기서 lammps download

압축 풀고

cd {lammps_src}/src/MAKE

Makefile.g++ 열어서 g++4를 g++로 변경

cd ../ -->그럼 현재 폴더가 src

make g++

fftw.h가 없다고 에러나면 apt-get install fftw-dev
libjpeg.a 가 없다고 에러나면 apt-get install libjpeg-dev 설치하고 MAKE/Makefile.g++ 열어서 /usr/local/lib/libjpeg.a 를 /usr/lib/libjpeg.a로 변경

그러면 lmp_g++이 만들어지는데 이걸 쓰면 됨

끝~